IF/Prologシステムが要するメモリサイズを最小限にするために、Prologのデータベース(アトム、節....)には、バージョン2.2以降、自動的に不要な領域(ガーベジ)を収集する機能が設けられています。
バージョン4.0では、Prologのスタック(ダイナミック・データ)のサイズを減少させるための、新しいガーベジ・コレクタが実装されています。このメカニズムは、演算を続けるためのメモリが残っていない場合、自動的にスタートします。ガーベジ・コレクションが望ましい結果をもたらさない際には、スタックサイズが拡張されます。オペレーティング・システムにより提供されたメモリを使い切るまで、あるいは、ユーザが定義した最大のスタック・サイズに到達するまで、このアルゴリズムは適用されます。